Fundado no dia 22 de novembro de 1914, inicialmente com o nome de União Foot-Ball Club, a equipe de Santa Bárbara D’Oeste teve diversos nomes até chegar ao que ostenta atualmente. Em 1918, passou a se chamar Athlético Barbarense Foot-Ball Club e, um ano depois, se chamou Sport Club Athlético Barbarense. No ano de 1920, o clube se fundiu com o 7 de Setembro da Fazenda São Pedro e, mais uma vez, alterou seu nome: Sport Club União Agrícola Barbarense. Por fim, ainda naquele ano, passou a se chamar União Agrícola Barbarense Futebol Clube.

No ano seguinte da definição do nome, em 1921, o União Barbarense se registrou na APEA (Associação Paulista de Esportes Atléticos), que comandava o futebol do Estado. Vinte anos depois, em 1941, filiou-se à Federação Paulista de Futebol, ainda como amador, e no ano seguinte passou a ser membro da LBF (Liga Barbarense de Futebol), entidade do município de Santa Bárbara d’Oeste.

Apenas em 1964 é que o clube se profissionalizou nos quadros da Federação Paulista de Futebol e sua estreia não foi das mais felizes diante de Alumínio: derrota por 3 a 1 em partida válida pela 3ª Divisão de Acesso. Neste jogo, o autor do primeiro gol da equipe como profissional foi o atacante Mané de Campos. Três anos depois, o União decidiu adotar o “Leão da 13” como mascote do clube, em homenagem aos torcedores fieis que apoiavam com garra o time (como leões) e à sede do clube, na Rua Treze de Maio.

O primeiro título do clube foi conquistado em 1946, ainda como amador, o de campeão da cidade pela Liga Barbarense de Futebol. Dois anos depois, mais uma conquista: campeão amador da região, disputando o Campeonato Paulista do Interior pela FPF. Foi tricampeão da "Taça Cidade de Santa Bárbara" nos anos de 1957, 1961 e 1963. Neste período, mais precisamente em 15 de novembro 1959, o Jornal D’Oeste publicou a composição do Hino Oficial do clube, de autoria do Professor José Dagnoni (letra) e Hermosa Hadad Baruque Murbach (música). Em 1967, já como profissional, foi Campeão Paulista da Segunda Divisão, conquistando o acesso à 1ª Divisão (uma abaixo da divisão principal).

A partir daí, o clube conquistou alguns títulos regionais, como o Torneio Intermunicipal Americana x Santa Bárbara D’Oeste, em 1973, e passou por bons e maus momentos. Depois de ficar alguns anos sem disputar os campeonatos da FPF foi, finalmente, em 1990, vice-campeão Paulista da 2ª Divisão, conquistando mais uma vez o acesso à Divisão Intermediária. Em 1995 foi Campeão Paulista de Juniores da Série A3 e, em 1996, dos Jogos Abertos do Interior, com a equipe de Juniores. Em 1997, conquistou o vice-campeonato da Série A3 do Campeonato Paulista. No ano seguinte, o maior trunfo até então: o título do Campeonato Paulista da Série A2 e o acesso à divisão principal estadual.

Em 1999, por terminar o Paulistão como o melhor time do interior na tabela, o União Barbarense se tornou Campeão do Interior. Em 2001, foi vice-campeão da Copa Federação Paulista de Futebol e, em 2004, campeão brasileiro da Série C. Entretanto, um ano depois do acesso à Série B, foi novamente rebaixado à Terceira Divisão nacional, por três pontos.

Nas competições estaduais, o União Agrícola Barbarense manteve-se na principal divisão do Campeonato Paulista até 2005, quando foi rebaixado para a Série A2. A equipe tropeçou novamente em 2006, quando terminou a competição na última colocação do Grupo 02, com apenas uma vitória e caiu para a Série A3.

Na temporada 2007, o União Barbarense realizou uma campanha regular no Campeonato Paulista da Série A3. Com oito vitórias, três empates e oito derrotas, a equipe terminou a competição no 10º lugar, sem conseguir o acesso para a Série A2.

A situação mudou em 2008, quando fez uma ótima ótima campanha na primeira fase do Campeonato Paulista da Série A3 – terminou na segunda colocação – e avançou na competição. Depois, nas semifinais, ficou novamente em 2º lugar no Grupo 03, com a mesma pontuação do Flamengo (14 pontos), e conseguiu o acesso à Série A2.