Durante seu período amador, a Itapirense revelou o zagueiro Bellini, capitão da Seleção Brasileira campeã mundial na Suécia em 1958. Na época do título, o zagueiro defendia o Vasco da Gama (RJ).

O clube ficou afastado do profissionalismo entre 1954 e 1956, voltando para Terceira Divisão em 1957. Naquela oportunidade, o clube não passou da primeira fase, sendo eliminada pelo hoje extinto Expresso São Carlos.

Nas dez temporadas seguintes, o time de Itapira ficou distante do profissionalismo, dedicando-se apenas às competições amadoras. O clube voltou em 1969, para surpreendentemente conquistar a Terceira Divisão (atual Segunda Divisão) do Paulista. O clube, no entanto, não deu sequência no Paulistão, e novamente entrou em recesso, licenciando-se das competições profissionais.

Entre 1969 e 2006, o time ficou de fora do Paulista. O ressurgimento começou em 2005, quando a equipe iniciou um projeto social destinado a manter crianças e adolescentes da cidade longe da violência. Com este ideal foram criadas as categorias Sub 10, Sub 12, Sub- 4, Sub 16 e Sub 20, sendo que esta última passou a disputar o Campeonato Paulista da categoria já naquele ano.

Em 2006, tendo como base os times juvenis, a Itapirense retornou ao profissionalismo, disputando a Segunda Divisão do Paulistão. Naquele ano, o clube chegou na 12ª colocação entre as 48 equipes inscritas. No ano seguinte, a consagração. A Itapirense conseguiu o acesso e chegou às finais do torneio, ficando com o vice-campeonato da Segunda Divisão.