No dia 13 de agosto de 1933, o esportista Galiano Alves fundou o
Esporte Clube São José, nascendo de uma dissidência da Associação Esportiva São
José, que naquela época possuía alguns dos principais jogadores do futebol
amador da cidade. A equipe manteve-se participando de torneios amadores em São
José dos Campos durante 31 anos, até se profissionalizar no dia 8 de março de
1964.
Naquela época, o Esporte Clube São José usava como uniforme camisas pretas,
listas verticais brancas e calções pretos (semelhante ao segundo uniforme do
Corinthians) e atuava no Estádio da Rua Antônio Saes. O atual estádio Martins
Pereira só seria inaugurado em 1970.
O time profissional da cidade continuou com o mesmo nome até dezembro de 1976,
quando, atolado em dívidas, e quase falido, foi obrigado a mudar de nome para
fugir das cobranças e ameaças de penhora. Na oportunidade, Altamirando Negrão de
Palma assumiu a presidência do clube e, junto de outros três diretores, Geraldo
Marcolongo, Sérgio Ângelo e Pedro Yves Simão, procuraram ajuda na Federação
Paulista de Futebol que, em uma manobra inteligente, fez com que o Esporte Clube
São José se transformasse em São José Esporte Clube, mudando inclusive as cores
do uniforme e o distintivo. O alvinegro foi substituído pelo azul, amarelo e
branco, que são as cores oficiais da cidade.
A estréia em competições oficiais foi em 1957, ainda com o antigo nome – Esporte
Clube São José –, no Campeonato Paulista da Terceira Divisão. Entretanto, foi a
primeira e única participação durante um longo período, que durou até 1964,
quando disputou a Terceira Divisão Estadual (equivalente à atual Segunda
Divisão) e foi campeão, conseguindo o acesso à Segundona no ano seguinte.
Em 1965, disputando o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, o clube obteve
êxito, conquistou mais um título e, consequentemente, mais um acesso, agora para
a Primeira Divisão (atual Série A2) em 1966. Porém, o São José esteve inscrito
na competição apenas até o ano seguinte (1967), quando novamente passou por um
período longe das competições oficiais. O clube voltou às atividades em 1971,
ainda na Primeira Divisão, onde permaneceu até 1976.
No ano de 1977, já com o atual nome – São José Esporte Clube –, a equipe
disputou o Campeonato Paulista da Série Intermediária, nomenclatura que
permaneceu até 1979. Em 1980, passou a se chamar Segunda Divisão e, naquele ano,
o São José Esporte Clube conquistou o título da competição, vencendo o Grêmio
Catanduvense na final por 4 a 0 e passou à Primeira Divisão Estadual (atual
Série A1).
A equipe esteve na elite do futebol paulista por três anos, até 1983, e em 1984
não participou da competição - retornou ao futebol profissional no ano seguinte,
novamente na Segunda Divisão. O São José levou mais três anos para conseguir
voltar à elite. Em 1987, venceu a Série Especial e chegou à Primeira Divisão,
competição que participou de 1988 a 1993, quando foi rebaixado.
De 1994 a 1996 disputou a Série A2 do Campeonato Paulista, competição que
credenciou o time novamente à Série A1 de 1997. No ano 2000, o clube foi mais
uma vez rebaixado para a Série A2 e, quatro anos mais tarde, em 2004, caiu para
a Série A3. Em 2006 conseguiu o vice-campeonato da Série A3 e voltou a disputar
a A2, em 2007.
Na temporada de 2007, o São José conseguiu a classificação à segunda fase do
Campeonato Paulista da Série A2. Contudo, terminou as semifinais na última
colocação do Grupo 02 e não conseguiu o acesso. No ano seguinte, terminou a
primeira fase na 9ª colocação e, mais uma vez, permaneceu na Série A2.
Em 2009, com
uma boa campanha na primeira fase da competição – quando terminou na 6ª
colocação –, o São José conseguiu se classificar à fase seguinte do Campeonato
Paulista da Série A2. Nas semifinais, a equipe ficou muito próxima de conseguir
o tão sonhado acesso. O time terminou na terceira colocação do Grupo 03, dois
pontos atrás do Sertãozinho – equipe que se classificou à elite de futebol
paulista. Na última partida, o São José foi derrotado pelo Rio Branco, em
Americana, por 2 a 0, e não conseguiu a vaga para a Série A1.
