Existia, na ocasião, na cidade de São José do Rio Preto, uma agremiação conhecida apenas por Esporte Clube, composta por elementos ligados às firmas comerciais de São José do Rio Preto. Uma fusão dos dois clubes originou o Rio Preto Esporte Clube.

A primeira apresentação do Rio Preto foi contra o Clube Atlético Imperial, da cidade de Taquaritinga. A equipe do Rio Preto, em seu primeiro jogo, contou com jogadores oriundos de São José do Rio Preto: Zé Capoeira, Paschoal Gignardi, Zeca, Maria, Tango, Borocha, Campineiro, Marcondes, Luiz dos Santos, Pacheco e Orlando da Valle.

Depois da primeira apresentação, mesmo tendo sido derrotado, os convites para exibições não paravam de chegar. O primeiro gol do Rio Preto Esporte Clube foi anotado por Francisco de Almeida Viegas, mais conhecido por Pacheco. Somente no ano de 1963 veio o primeiro título, de campeão da 2ª Divisão de Profissionais da Federação Paulista de Futebol.

No dia 21 de Abril de 1968, o novo estádio do Rio Preto era inaugurado. Um projeto arrojado, com capacidade para 35 mil pessoas, e, devido à colaboração importante na sua construção pela Família Haddad, ganhou o nome de Estádio Anísio Haddad.

No ano de 1989, com o término do mandato do Dr. Vergílio Dalla Pria Netto, foi eleita por unanimidade do Conselho para presidente a Dra. Wayta Aparecida Menezes Dalla Pria, primeira mulher presidente do clube de futebol profissional da história. 

Em 1993, novamente foi eleito para presidente o Dr. Vergílio Dalla Pria Netto. E no ano seguinte, o Rio Preto foi vice-campeão da 1ª Divisão de Profissionais da Série A3 e subiu para a Série A2. O título mais importante da história do clube veio em 1999, quando a equipe venceu a Série A3 do Campeonato Paulista.

No ano de 2006, o Rio Preto ficou muito próximo de conseguir um lugar na elite do futebol paulista. A equipe chegou à segunda fase do Campeonato Paulista da Série A2, mas terminou na quarta colocação do seu grupo e não conseguiu o acesso.

Contudo, no Campeonato Paulista da Série A2 de 2007, o Rio Preto realizou uma excelente campanha na primeira fase, conseguindo o terceiro lugar na tabela, com 34 pontos. Depois, nas semifinais, a equipe conseguiu terminar no primeiro lugar do Grupo 03 e, assim, além do acesso, também garantiu um lugar na decisão do campeonato. Na final, o Rio Preto foi superado pela Portuguesa e ficou com o vice-campeonato da Série A2.

Na temporada 2008, a expectativa era grande, já que o Rio Preto estava na elite do futebol paulista pela primeira vez em sua história. Entretanto, a equipe não conseguiu realizar uma boa campanha no Campeonato Paulista da Série A1 e acabou rebaixada. Em 19 partidas, foram quatro vitórias, três empates e 12 derrotas.