O Pão de Açúcar Club foi fundado no dia 08 de dezembro de 1985 como um projeto social para proporcionar oportunidade de práticas esportivas para crianças de sete a 14 anos. Porém, as modalidades eram focadas no atletismo.

O futebol no Pão de Açúcar só começou em 2003, com a realização da Super Copa Compre Bem. A competição reuniu cerca de 70 mil garotos e, destes, 72 foram escolhidos para fazer parte das equipes Sub 15 e 17 que, no ano seguinte, representariam o Pão de Açúcar Esporte Clube nos campeonatos estaduais.

Os jovens cresceram e chegaram à idade de se profissionalizarem. Por isso, no ano de 2006, o clube firmou parceria com o Juventus e forneceu os atletas para a disputa da Série A1 do Campeonato Paulista. O oitavo lugar animou a diretoria do Pão de Açúcar, que no ano seguinte inscreveu a equipe na disputa da Segunda Divisão do Campeonato Paulista.