Com o nome de Comercial, o Marília disputou apenas competições
amadoras, atraindo poucos torcedores. O nome não era muito simpático à
população, que o achava elitista. Em 1947, uma nova diretoria assumiu o controle
do Comercial e mudou o nome para Marília. O clube, no entanto, continuou amador
até 1953, quando estreou na Segunda Divisão na vaga deixada pelo São Bento, que
se licenciara no ano anterior.
Foram cinco anos no torneio, até 1957, quando o time licenciou-se
das competições profissionais dando lugar ao São Bento, que disputou a Primeira
Divisão (equivalente à atual Série A2) de 1958 até 1964 e a Segunda Divisão
(equivalente à atual Série A3) de 1965 até 1969. A única participação do Marília
no período foi na temporada de 1965. Naquele ano, o Marília disputou a Terceira
Divisão (equivalente à atual Segunda, quarto nível do futebol paulista) e o São
Bento, a Segunda.
Após representar a cidade por 11 anos, o São Bento mais uma vez
licenciou-se, e um grupo de cidadãos, liderados por Pedro Sola, resolveu
reativar o Marília. No ano seguinte, o time fez sua reestreia no Paulistão,
disputando a Primeira Divisão (equivalente à atual Série A2) no lugar do São
Bento. Reestruturado e com apoio da cidade, o time chegou rapidamente à elite,
sendo campeão da Primeira Divisão em 1971 e ganhando o direito de disputar a
Divisão Especial (atual Série A1) em 1972.
A partir daí, foram 14 participações seguidas no nível mais alto
do futebol paulista. O time ficou no topo entre as temporadas de 1972 e 1985,
quando foi rebaixado para a Segunda Divisão. A volta à elite ocorreria em 1990,
quando o clube foi promovido ao Grupo 2 da Primeira Divisão, onde ficou até
1993, ano em que foi criada a atual divisão do Paulistão e, a partir de 1994, o
Grupo 2 tornou-se a Série A2 da Primeira Divisão.
A queda em 1993 desestruturou a equipe, que na temporada seguinte
sofreu outro rebaixamento – desta vez para a Série A3. O auge da crise se deu em
1996, quando o clube foi rebaixado para a Série B1-A, quarto nível do futebol
paulista na época.
O time ficou na B1-A por três temporadas, voltando à Série A3 em
2000, onde ficou por outras três temporadas. A volta para a Série A2 se deu de
forma inusitada. O time terminou o campeonato da Série A3 de 2001 na quinta
colocação, o que na teoria não lhe garantiria o acesso. Mas a criação da Liga
Rio-São Paulo, em 2002, garantiu mais três vagas na Série A1 – que naquele ano
serviu de divisão de acesso para o Rio-São Paulo – e o Marília foi um dos
contemplados.
A Liga Rio-São Paulo durou só um ano, quando o Marília disputou e
venceu a Série A2, conseguiu o acesso e voltou à elite em 2003. A nova volta
coincidiu com um dos períodos mais vitoriosos do clube, que também em 2002 foi
vice-campeão brasileiro da Série C, chegando à Série B do Campeonato Brasileiro,
competição que disputou até 2008.
Em 2009, o time não fez uma
boa campanha. Foi rebaixado no Campeonato Brasileiro da Série B de também no
Paulista. Apesar dos resultados, a torcida permanece fiel e espera a volta do
clube à elite em 2010.
