Antes de se profissionalizar, o time da Vila das Palmeiras participou de diversas competições amadoras na cidade, sendo um dos fundadores da Olimpíada Colegial Guarulhense e da Liga de Futebol de Salão de Guarulhos. Outros torneios da cidade como os Jogos da Primavera, organizados pela prefeitura municipal, também tiveram a participação da equipe, que foi campeã destes torneios em três oportunidades.

Em 1981, o Vila das Palmeiras estreou em campeonatos profissionais da Federação Paulista de Futebol. Naquele ano, a equipe disputou a Terceira Divisão do Paulistão (atual Série A3) e de lá para cá alternou entre o terceiro nível – onde ficou por dez anos, entre 1981 e 1987 e 1991 e 1993 – e o quarto nível do futebol paulista.

Em 1993, o clube adotou o nome atual. O objetivo da diretoria era criar uma maior identificação com o município no qual a agremiação está situada, por isso o time passou a chamar-se Guarulhos e a ostentar em sua camisa as cores da cidade: azul, vermelho e branco.

Em 2003, o clube pediu licença da Federação, retornando em 2004 na quinta divisão. Com a extinção da quinta divisão, em 2005, o clube passou automaticamente a disputar a Segunda Divisão do Campeonato Paulista, o equivalente à quarta divisão.

Fonte : FPF