O Guaratinguetá Futebol Ltda. foi fundado em 1º de outubro de 1998, ainda com o nome de Guaratinguetá Esporte Clube, por um grupo de moradores da cidade. O objetivo inicial de seus fundadores era fazer renascer o espírito esportivo da cidade, que já tinha assistido a época áurea da Associação Esportiva Guaratinguetá, clube que, no passado, trazia muita alegria e orgulho ao município. Um ano após a fundação, o clube deu um passo importante para sua estruturação, com a criação do Consórcio Guaratinguetá, quando foi assinado um contrato de co-gestão com a C.S.R Futebol e Marketing, grupo do empresário Carlos Arini e dos jogadores César Sampaio e Rivaldo.

O respaldo financeiro, técnico e administrativo proporcionado pela parceria impulsionaram a equipe do Guaratinguetá e possibilitaram a filiação na Federação Paulista de Futebol, no dia 26 de novembro de 1999. Além disso, a parceria também possibilitou um bom desempenho da equipe profissional do clube em 2000, quando teve sua primeira participação na Série B2 do Campeonato Paulista, encerrando a campanha na terceira posição, mesma colocação conquistada no ano seguinte, quando o clube alcançou o acesso à Série B1.

Em 2002, com o fim da parceria com a C.S.R Futebol e Marketing, o Guaratinguetá passou a contar com o apoio financeiro de empresários da cidade. Nesta fase, o time obteve mais um acesso, desta vez para a Série A3, que disputou em 2003, sendo eliminado ainda na primeira fase da competição. No mesmo ano, a equipe Sub 20 do Guaratinguetá foi vice-campeã da categoria, a primeira conquista nas categorias de base.

Em 2004, o empresário Sony Alberto Douer chegou ao clube com uma nova filosofia de trabalho e, logo no primeiro ano na administração do clube,  ajudou o Guaratinguetá a conquistar o acesso à Série A2 do Campeonato Paulista. No ano seguinte, juntamente com o empresário Carlos Arini, Douer criou a Sony Sports, empresa que passou a gerenciar o clube, com o apoio de outros empresários da região.

O passo seguinte dos novos dirigentes foi promover a reestruturação do clube, com a fundação oficial do primeiro clube-empresa do Brasil, o Guaratinguetá Futebol Ltda. O sistema administrativo, adotado por times europeus e com características típicas da iniciativa privada, possibilitou dinamizar a gestão, agilizar as decisões e facilitar o planejamento de metas. Como consequência desta inovação, o Guaratinguetá conquistou o tão desejado acesso à Série A1 do Campeonato Paulista em 2006, disputando a competição em 2007, quando o clube ficou na décima colocação.

Com o acesso, o Guará conquistou credibilidade e o apoio da Prefeitura Municipal, que por meio do prefeito Antonio Gilberto Filippo Fernandes Junior, fez investimentos em melhorias no estádio Professor Dario Rodrigues Leite, sede do clube. Entre as obras, houve a modernização das cabines para imprensa, da tribuna de honra, da sala de musculação, do departamento médico, das salas de administração, das bilheterias, da área de alimentação, dos sanitários e reforma dos vestiários, além da troca de todo sistema hidráulico e elétrico e a cobertura da arquibancada, no setor numerado.

Assim, em seu segundo ano na elite do futebol paulista, o Guaratinguetá chegou à semifinal do Campeonato Paulista da Série A1, sendo eliminado pela Ponte Preta. Mas em 2009, o clube não conseguiu repetir a boa campanha e foi rebaixado para a Série A2 do Campeonato Paulista.