O primeiro campeonato do ECUS pela Federação Paulista de Futebol foi em 1998, o Campeonato Paulista da Série B1B, onde permaneceu até 1999. A partir do ano seguinte passou a disputar a Série B2 e, em 2002, conquistou o seu primeiro título no cenário estadual, ao levantar a taça da competição.

Conseqüentemente, o ECUS foi classificado para disputar a Série A3 do Campeonato Paulista no ano seguinte. Em 2003, estreando em uma competição de maior nível, o time não conseguiu se manter, e acabou rebaixado à Série B1.

O ano de 2004 começou para a equipe de Suzano com a disputa da Copa São Paulo de Futebol Júnior, competição que disputou no mesmo grupo do São Paulo e conseguiu empatar com o time da capital. Alguns meses depois, com a terceira colocação no Campeonato Paulista da Segunda Divisão B1, conseguiu o acesso à Série A3 do ano seguinte.

Em 2005, novamente participou da Copa São Paulo e conseguiu chegar mais longe do que na primeira participação. Em um grupo inicialmente formado por ECUS, Guarani, América (MG) e Catuense (BA), classificou-se como líder da chave para a segunda fase. Conseguiu vencer o Angra dos Reis (RJ) e passou à terceira fase, quando foi eliminado pelo Nacional. No mesmo ano, na disputa da Série A3, não obteve êxito, e acabou novamente rebaixado.

Como nos dois anos anteriores, iniciou a temporada de 2006 com a disputa da Copa São Paulo de Futebol Júnior, mas não passou da primeira fase. Três meses depois conseguiu um bom desempenho no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, avançando à segunda fase. Contudo, terminou a competição na 10ª posição.

No ano de 2007, o ECUS realizou uma boa campanha na primeira fase do Campeonato Paulista – Segunda Divisão –, classificando-se, assim, para a segunda etapa. Depois, com apenas uma derrota, conseguiu a vaga para a etapa seguinte. Entretanto, na terceira fase, o ECUS terminou na quarta colocação em seu grupo e não conseguiu o acesso à Série A3.