A estréia no profissionalismo aconteceu na quinta divisão, em 1979. No ano seguinte, esta categoria foi extinta e o Flamengo disputou a terceira divisão. Não conseguindo o acesso, o clube licenciou-se e voltou ao amadorismo.

A década 1980 ficou marcada pela construção do estádio do Flamengo, o Antonio Soares de Oliveira, cujo nome é uma homenagem a um ex-presidente da Liga Guarulhense de Futebol. Na década de 1990, mais precisamente entre 1994 e 1997, o time rubro-negro somou mais quatro títulos municipais e, entre as conquistas, em 1996, foi campeão amador do Estado de São Paulo.

Em 1998, o clube voltou definitivamente ao profissionalismo. Em 1999 foi campeão paulista da Série B2 (quinta divisão, sem equivalência atual), o que garantiu o acesso à Série B1 (equivalente à atual Segunda Divisão). Em 2000, o Flamengo obteve sucesso mais uma vez, conquistando o título e o acesso para a Série A3.

O ano de 2003 foi especial para o time, que viajou para o Líbano, onde realizou um amistoso na capital, Beirute. O adversário foi o Nejmeh e o placar da partida foi 3 a 0 para os brasileiros. O destaque do jogo foi o atacante tetracampeão mundial pela Seleção Brasileira, Bebeto. O jogador atuou um tempo em cada equipe.

Em 2005, mais um fato histórico para o clube de Guarulhos. A equipe Sub 13 foi convidada para participar de um torneio comemorativo à Copa do Mundo de 2002, que ocorreu na Coréia do Sul e no Japão. Apesar de não conquistar o título, o rubro-negro teve um grande desempenho. Em 2008, após três anos de disputa na Série A3, o clube sagrou-se campeão e conseguiu chegar à Série A2 pela primeira vez. Em sua estréia no torneio, em 2009, o clube chegou ao quadrangular final, mas não conseguiu o acesso.

Fonte : FPF