Confundido
freqüentemente com o homônimo Japeri Futebol Clube, clube antigo da
cidade que só disputou o amadorismo da liga local, este foi criado
em 2006
para a disputa do Campeonato Estadual da Terceira Divisão de
Profissionais como um clube-empresa apoiado pela prefeitura local.
A campanha foi excelente. Quase
conseguiu o acesso para a Segunda Divisão. Terminou a primeira fase
como líder de sua chave. Mas, na segunda acabou sendo eliminado,
terminando entre os oito primeiros do campeonato. Os cinco melhores
colocados foram promovidos à Segunda Divisão.
O clube encerrou logo as atividades
por conta de uma mudança política na cidade. O novo prefeito que
assumiu não quis continuar com o projeto do antecessor. Por conta
disso, a agremiação não pôde mais continuar a sua crescente
trajetória no profissionalismo.